Si vous souhaitez passer par un reverse proxy par exemple Nginx Proxy Manager il vous faudra paramètrer pydio-cells par la console de son container.
Connexion à la console de son container
Pour l'exemple j'ai un container pydio-cells que j'ai nommé pydio-cells.
Pour me rendre dans sa console depuis la console de son hôte je lance:
docker exec -it pydio-cells ash

Dans cette console on va lancer la commande pour définir les "sites":
cells configure sites
Si vous voulez paramétrer le site par défaut alors on choisis de modifier l'existant:

A ce moment là on rentre dans un pas-à-pas pour paramétrer ce site.